abund.vs.rare               package:unknown               R Documentation

Análise de OTUs raras e abundantes em Ecologia Microbiana

Description:
  
Analisa riqueza, diversidade e similaridade de comunidades microbianas, 
considerando membros totais, raros e abundantes, a partir de uma tabela de OTUs. 


Usage:
  
abund.vs.rare(x, rare="0.01", diversity="shannon", dist = "bray")


Arguments:

x: Dataframe contendo os dados.

rare: Define o valor máximo de abundância relativa 
para uma OTU ser considerada rara. 
O usuário tem as opções de 0.01 (1%) ou 0.001 (0.1%).

diversity: Índice de diversidade a ser calculado para OTUs totais, 
abundantes e raras, por amostra. 
O usuário tem a opção dos índices Shannon ("shannon") ou Simpson ("simpson").

dist: O método para se calcular o índice de dissimilaridade entre as amostras, 
quando consideradas OTUs totais, abundantes e raras.
O usuário tem a opçao de Bray-curtis ("bray") ou distância Euclidiana ("euclidean").


Details:
  
Essa função fornece análises de riqueza e diversidade em ecologia microbiana 
ao comparar diferentes amostras quando considerados membros raros, 
abundantes e totais da comunidade.

Os dados introduzidos na função devem ser um dataframe contendo o 
número de sequencias por OTUs, sendo as OTUs distribuídas por linhas 
e amostras distribuídas por colunas.


Value:
  
Retorna uma matriz contendo os valores de riqueza e diversidade, 
para OTUs totais, raras e abundantes, por amostra; 
e um plot contendo seis dendrogramas construídos a partir dos 
índices de dissimilaridade com os valores de riqueza e diversidade 
de OTUs totais, raras e abundantes, para cada amostra.


Author:
Amanda Gonçalves Bendia
amandagb@usp.br


References:

BAGCHI, Samik et al. Diversity and dynamics of dominant and rare bacterial 
taxa in replicate sequencing batch reactors operated under different 
solids retention time. Applied microbiology and biotechnology, 
v. 99, n. 5, p. 2361-2370, 2015.

LYNCH, Michael DJ; NEUFELD, Josh D. Ecology and exploration 
of the rare biosphere. Nature Reviews Microbiology, 
v. 13, n. 4, p. 217-229, 2015.


Examples:

## Dataframe de Input

otu.t <- read.table("datateste.txt", header = TRUE, sep = "\t")
otu.t

Amostra1	Amostra2	Amostra3	Amostra4	Amostra5	Amostra6	Amostra7	Amostra8	Amostra9	Amostra10
OTU1	0.0	3.0	0.0	75.0	50.0	31.0	80.0	23.0	23.0	334.0
OTU2	16.0	26.0	8.0	424.0	122.0	101.0	256.0	147.0	734.0	3.0
OTU3	0.0	2.0	0.0	191.0	181.0	145.0	249.0	108.0	129.0	328.0
OTU4	0.0	0.0	0.0	4.0	0.0	3.0	7.0	0.0	0.0	1076.0
OTU5	0.0	0.0	0.0	1.0	0.0	2.0	0.0	1.0	3.0	515.0
OTU6	0.0	0.0	0.0	3.0	0.0	3.0	6.0	3.0	17.0	493.0
OTU7	718.0	726.0	872.0	687.0	460.0	522.0	1476.0	669.0	1314.0	46.0
OTU8	469.0	816.0	372.0	292.0	90.0	80.0	662.0	175.0	1951.0	27.0
OTU9	0.0	2.0	6.0	0.0	0.0	0.0	8.0	4.0	0.0	4.0
OTU10	0.0	0.0	0.0	5.0	3.0	2.0	6.0	3.0	5.0	835.0
OTU11	0.0	5.0	2.0	1.0	1.0	0.0	6.0	3.0	10.0	84.0
OTU12	0.0	1.0	1.0	6.0	4.0	3.0	0.0	0.0	2.0	508.0
OTU13	165.0	171.0	316.0	400.0	170.0	233.0	22.0	16.0	8.0	7.0
OTU14	0.0	0.0	1.0	10.0	3.0	9.0	20.0	2.0	10.0	1474.0
OTU15	11.0	29.0	17.0	342.0	152.0	138.0	488.0	181.0	353.0	5.0
OTU16	0.0	8.0	0.0	5.0	4.0	0.0	12.0	3.0	4.0	80.0
OTU17	27.0	74.0	38.0	257.0	134.0	111.0	794.0	280.0	579.0	0.0
OTU18	3.0	2.0	4.0	939.0	37.0	231.0	513.0	49.0	1260.0	0.0
OTU19	0.0	4.0	0.0	40.0	5.0	17.0	13.0	1.0	8.0	0.0
OTU20	0.0	0.0	0.0	0.0	0.0	3.0	0.0	0.0	0.0	574.0


## Matriz com dados de riqueza e diversidade de OTUs totais, raras, abundantes, por amostra

abund.vs.rare(otu.t, rare="0.01", diversity="shannon", dist = "bray")

riqueza.rare riqueza.abund riqueza.tot  div.tot   div.rare div.abund
Amostra1             2             5           7 1.138470 0.05098383  1.087487
Amostra2             8             6          14 1.288572 0.08866381  1.199908
Amostra3             6             5          11 1.203014 0.07849486  1.124519
Amostra4             8            10          18 2.103346 0.06210771  2.041238
Amostra5             6             9          15 2.029372 0.08430975  1.945063
Amostra6             7            10          17 2.059021 0.09133335  1.967688
Amostra7             9             8          17 1.943201 0.12780042  1.815401
Amostra8             9             8          17 1.819002 0.12147570  1.697526
Amostra9            10             7          17 1.799358 0.08908378  1.710274
Amostra10            6            11          17 2.220433 0.07986509  2.140568
